Melyik módszert válasszam?

Az itt felsorolt módszerek mindegyike csupán „összes” fehérjetartalom-meghatározásra alkalmas. Amennyiben ennél részletesebb adatokra van szükség (aminosav összetétel, egy bizonyos fehérje, enzim érdekel stb.) egyéb módszerekre van szükség.

A fent felsorolt módszerek mérési alapalapelvüket tekintve két nagy csoportra oszthatók. A Kjeldahl és a Dumas módszerek a teljes szerves N-tartalmat mérik, míg az egyéb módszerekkel kapott jel valamilyen módon a minta peptidtartalmához kapcsolódik.

További lényeges különbség, hogy az ismertetett módszerek közül a Kjeldahl és a Dumas módszerek kivételével mindegyiket kalibrálni kell, melyhez szükség van valamilyen standard fehérjére, amely összetételében hasonlít az adott mintában találhatóhoz. E feltétel különösen hangsúlyos például a Folin-Ciocalteau-Lowry és az UV spektrofotometriás módszereknél, hiszen ezeknél a technikáknál a mért jel nagysága függ az aromás aminosavtartalomtól. Ez utóbbiaknál törekedni kell a mintáéval azonos aromás aminosav-tartalmú standard fehérjék használatára. Az infravörös technika szintén körültekintő és mátrixfüggő kalibrálást igényel.

A mintaelőkészítés tekintetében a Kjeldahl, a Dumas és az infravörös módszerek tekinthetők a legigénytelenebbnek, míg a többi módszer sok esetben összetettebb mintatisztítási műveleteket igényelnek (lipidek, szacharidok eltávolítása). Megjegyzendő továbbá, hogy a különböző extrakciós lépéseket alkalmazó módszerek esetében a fehérjék kinyerési hatásfokát csökkentheti (és így a fehérjetartalom alulbecslését eredményezheti) például a feldolgozott élelmiszerekben a hőkezelés során bekövetkező kémiai változások.

Érzékenységük szempontjából a Folin-Ciocalteau-Lowry módszer tekinthető a legjobbnak (50-100-szor érzékenyebb, mint a Biuret és 10-20-szor, mint az UV módszer). Ezt követi az UV spektrofotometriás, majd a Biuret-módszer. A sort a Dumas és a Kjeldahl módszer zárja.

Az ismertetett módszerek közül a leggyorsabb az infravörös és a Dumas módszer (néhány perc alatt eredményt szolgáltatnak. Ezzel szemben a leglassabb Kjeldahl-eljárás kivitelezéséhez legalább 2 óra szükséges.

A módszerek összehasonlításakor figyelembe kell venni továbbá az egyes technikák vegyszerigényét. Infravörös és Dumas-módszerekhez nem szükséges semmilyen reagens, míg a normál léptékű Kjeldahl-módszer során alkalmazott nagy mennyiségű kénsav, katalizátor és egyéb reagensek környezetvédelmi szempontból is aggályosak. Ugyanakkor léptékcsökkentéssel ezek mennyisége jelentős mértékben csökkenthető

Végül meg kell említeni, hogy a legtöbb módszernek ma már létezik automatizált változata is, melyek azonban jelentősebb kezdeti beruházást, viszont a későbbiekben kevesebb manuális munkát igényelnek.